Measurement date December 08, 1911 00:00:00 GMT
Experimenter mne_anonymize
Participant sub-02
Digitized points 44 points
Good channels 204 Gradiometers, 102 Magnetometers, 9 Stimulus, 2 EOG, 1 ECG, 2 misc
Bad channels None
EOG channels EOG061, EOG062
ECG channels ECG063
Sampling frequency 250.00 Hz
Highpass 1.00 Hz
Lowpass 40.00 Hz
Filenames sub-02_task-localizer_proc-filt_raw.fif
Duration 00:04:32 (HH:MM:SS)
PSD
Measurement date December 08, 1911 00:00:00 GMT
Experimenter mne_anonymize
Participant sub-emptyroom
Digitized points 44 points
Good channels 204 Gradiometers, 102 Magnetometers
Bad channels None
EOG channels Not available
ECG channels Not available
Sampling frequency 250.00 Hz
Highpass 1.00 Hz
Lowpass 40.00 Hz
Filenames sub-02_task-noise_proc-filt_raw.fif
Duration 00:01:31 (HH:MM:SS)
PSD
Events
Number of events 120
Events coherent/down: 30
coherent/up: 30
incoherent/down: 30
incoherent/up: 30
Time range -0.200 – 1.000 sec
Baseline off
Epoch # event_name coherent/down coherent/up incoherent/down incoherent/up
0 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
1 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
2 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
3 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
4 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
5 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
6 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
7 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
8 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
9 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
10 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
11 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
12 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
13 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
14 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
15 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
16 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
17 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
18 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
19 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
20 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
21 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
22 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
23 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
24 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
25 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
26 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
27 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
28 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
29 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
30 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
31 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
32 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
33 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
34 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
35 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
36 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
37 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
38 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
39 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
40 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
41 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
42 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
43 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
44 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
45 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
46 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
47 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
48 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
49 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
50 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
51 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
52 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
53 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
54 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
55 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
56 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
57 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
58 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
59 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
60 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
61 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
62 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
63 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
64 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
65 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
66 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
67 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
68 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
69 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
70 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
71 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
72 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
73 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
74 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
75 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
76 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
77 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
78 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
79 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
80 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
81 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
82 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
83 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
84 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
85 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
86 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
87 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
88 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
89 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
90 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
91 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
92 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
93 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
94 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
95 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
96 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
97 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
98 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
99 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
100 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
101 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
102 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
103 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
104 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
105 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
106 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
107 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
108 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
109 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
110 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
111 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
112 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
113 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
114 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
115 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
116 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
117 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
118 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
119 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000

120 rows × 6 columns

ERF image (Magnetometers)
ERF image (Gradiometers)
No epochs exceeded the rejection thresholds. Nothing was dropped.
PSD
PSD calculated from 25 epochs (30.0 sec).
Method picard
Fit 217 iterations on epochs (36120 samples)
ICA components 55
Explained variance 99.1 %
Available PCA components 306
Channel types mag, grad
ICA components marked for exclusion ICA000
ICA004
ICA009
ICA020
ICA046
Original and cleaned signal
ICA component topographies
Number of events 120
Events coherent/down: 30
coherent/up: 30
incoherent/down: 30
incoherent/up: 30
Time range -0.200 – 1.000 sec
Baseline -0.200 – 0.000 sec
Epoch # event_name coherent/down coherent/up incoherent/down incoherent/up
0 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
1 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
2 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
3 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
4 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
5 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
6 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
7 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
8 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
9 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
10 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
11 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
12 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
13 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
14 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
15 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
16 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
17 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
18 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
19 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
20 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
21 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
22 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
23 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
24 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
25 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
26 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
27 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
28 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
29 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
30 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
31 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
32 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
33 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
34 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
35 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
36 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
37 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
38 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
39 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
40 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
41 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
42 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
43 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
44 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
45 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
46 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
47 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
48 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
49 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
50 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
51 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
52 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
53 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
54 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
55 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
56 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
57 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
58 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
59 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
60 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
61 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
62 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
63 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
64 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
65 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
66 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
67 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
68 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
69 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
70 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
71 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
72 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
73 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
74 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
75 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
76 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
77 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
78 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
79 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
80 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
81 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
82 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
83 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
84 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
85 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
86 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
87 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
88 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
89 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
90 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
91 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
92 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
93 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
94 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
95 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
96 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
97 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
98 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
99 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
100 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
101 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
102 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
103 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
104 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
105 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
106 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
107 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
108 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
109 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
110 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
111 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
112 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
113 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
114 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
115 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
116 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
117 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
118 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
119 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000

120 rows × 6 columns

ERF image (Magnetometers)
ERF image (Gradiometers)
No epochs exceeded the rejection thresholds. Nothing was dropped.
PSD
PSD calculated from 25 epochs (30.0 sec).
Time course (Magnetometers)
Time course (Gradiometers)
Global field power
Whitened
Time course (Magnetometers)
Time course (Gradiometers)
Global field power
Whitened
Time course (Magnetometers)
Time course (Gradiometers)
Global field power
Whitened
Full-epochs Decoding
Each black dot represents the single cross-validation score. The red cross is the mean of all cross-validation scores. The dashed line is expected chance performance.
Decoding performance over time
Time-by-time decoding: 60 × incoherent ./. 60 × coherent
Sensor alignment
Average distance from 35 digitized points to head: 2.99 mm
Covariance matrix
Singular values
  """
hMT+ Localizer
"""
from mne_bids import get_entity_vals

study_name = 'ds003392'
bids_root = f'/storage/store2/data/{study_name}'
deriv_root = f'/storage/store2/derivatives/{study_name}/mne-bids-pipeline/'
subjects_dir = f'{bids_root}/derivatives/freesurfer/subjects'

# subjects = "all"
subjects = sorted(get_entity_vals(bids_root, entity_key='subject'))
exclude_subjects = ["06"]  # projs were applied during acquisition...
# subjects = sorted(list(set(subjects) - set(exclude_subjects)))
# subjects = ['01']
N_JOBS = len(subjects)
# N_JOBS = 1

task = 'localizer'
find_flat_channels_meg = True
find_noisy_channels_meg = True
use_maxwell_filter = True
ch_types = ['meg']

l_freq = 1.
h_freq = 40.
resample_sfreq = 250

# Artifact correction.
spatial_filter = 'ica'
ica_max_iterations = 500
ica_l_freq = 1.
ica_n_components = 0.99
ica_reject_components = 'auto'

# Epochs
epochs_tmin = -0.2
epochs_tmax = 1.0
baseline = (None, 0)

# Conditions / events to consider when epoching
conditions = ['coherent', 'incoherent']

# Decoding
decode = True
contrasts = [('incoherent', 'coherent')]

# Noise estimation
process_er = True
noise_cov = 'emptyroom'

on_error = "debug"

  Platform:         Linux-4.15.0-136-generic-x86_64-with-glibc2.27
Python:           3.9.9 | packaged by conda-forge | (main, Dec 20 2021, 02:41:03)  [GCC 9.4.0]
Executable:       /data/parietal/store/work/agramfor/mambaforge/bin/python3.9
CPU:              x86_64: 88 cores
Memory:           503.8 GB

mne:              1.1.1
numpy:            1.21.6 {blas=NO_ATLAS_INFO, lapack=lapack}
scipy:            1.8.1
matplotlib:       3.4.3 {backend=agg}

sklearn:          0.24.2
numba:            0.55.1
nibabel:          3.2.1
nilearn:          Not found
dipy:             Not found
cupy:             Not found
pandas:           1.3.3
pyvista:          0.32.1 {OpenGL 3.3 (Core Profile) Mesa 20.0.8 via llvmpipe (LLVM 10.0.0, 256 bits)}
pyvistaqt:        0.5.0
ipyvtklink:       Not found
vtk:              9.1.0
qtpy:             1.11.2 {PyQt5=5.12.9}
ipympl:           Not found
pyqtgraph:        Not found
pooch:            v1.6.0

mne_bids:         0.11.dev0
mne_nirs:         Not found
mne_features:     Not found
mne_qt_browser:   Not found
mne_connectivity: Not found
mne_icalabel:     Not found